29 Mayıs 2007 tarih ve 26536 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 5662 sayılı kanunla kurulan Üniversitemize Prof. Dr. Azmi ÖZCAN’ın Aralık 2007’de Rektör olarak atanması ile eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır.

Kuruluşu rektörlüğe bağlı Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüsü ile gerçekleşti. Dumlupınar Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Osmaneli Meslek Yüksekokulu,  Pazaryeri Meslek Yüksekokulu, Gölpazarı Meslek Yüksekokulu, Söğüt Meslek Yüksekokulu; Osmangazi Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olan Sağlık Yüksekokulu ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu; Anadolu Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olan Meslek Yüksekokulu ve Bozüyük Meslek Yüksekokulu Üniversitemiz bünyesine dahil edilmiştir.

27 Nisan 2012 tarih ve 28276 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren kanunla "Bilecik Üniversitesi" adı "Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi" olarak değişmiştir.

T.C. Anayasası'nın 130. maddesi ve 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 13. maddesi uyarınca Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip ERDOĞAN tarafından Prof. Dr. İbrahim TAŞ, 13 Ocak 2016 tarihinde Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Rektörlüğüne atanmıştır. 

Görev süresi dolan Prof. Dr. İbrahim TAŞ'ın yerine 4 Mart 2020 tarihli Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 2020/91 sayılı kararla Üniversitemize Rektör olarak Prof. Dr. Şükrü BEYDEMİR atanmış ve 5 Mart günü gerçekleşen devir teslim töreniyle görevine başlamıştır.

Görev süresi dolan Prof. Dr. Şükrü BEYDEMİR'in yerine 25 Mayıs 2024 tarihli Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 2024/144 sayılı kararla Üniversitemize Rektör olarak Prof. Dr. Zafer Asım KAPLANCIKLI atanmış ve 27 Mayıs günü gerçekleşen devir teslim töreniyle görevine başlamıştır.