Gedikkaya Mağarası kazıları ile, İnhisar ilçesinin, dolayısıyla Bilecik İli’nin tarihinin günümüzden 40.000 yıl öncesinde Paleolitik Dönem’e dek (Eski Taş Çağı) uzanmaktadır.  İnsanoğlunun hayatını avcı toplayıcı bir geçim ekonomisiyle idame ettirdiği bu zaman dilimi ilk sanat eserlerinin ortaya çıktığı bir dönemdir. Mağara, Paleolitik, Epi-paleolitik, Neolitik ve Kalkolitik olmak üzere üç farklı dönemde yerleşime sahne olmuştur. Bunun yanı sıra düzensiz bir şekilde Hellenistik Dönem’e ait az sayıda ele geçen malzeme; mağaranın yer aldığı kayalık tepenin eteklerinde yer alan yerleşim yerinin sakinlerinin zaman zaman belli amaçlarla mağarayı ziyaret ettiğine işaret etmektedir.

Gedikkaya İn Mağarası, Bilecik ili İnhisar ilçesinin yaklaşık 1 km güneydoğusunda, İnkaya olarak adlandırılan kayalık tepenin kuzeye bakan yamacında, Gedikkaya Nekropolü içerisinde, tamamen Sakarya Vadisine hakim bir konumda yer alır. Mağara güney yönünde dağın içine girer. Mağaranın tüm uzunluğu yaklaşık 180 m kadardır; içinin seviyesi ise yak. 15-20 m kadar yükseğe ve genişlik ise 30 metreye ulaşmaktadır.

2017 yılında Bölümüz öğretim üyelerinden Doç. Dr. Deniz Sarı başkanlığında gerçekleştirilen “Bilecik İli ve İlçelerinde Kültürel Mirasın Belgelenmesi” konulu yüzey araştırmaları sırasında ziyaret edilen ve arkeolojik malzemenin varlığı tespit edilen mağarada 2019 yılından itibaren T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı Bilecik Müzesi’nin başkanlığında ve Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Arkeoloji Bölümü’nden Doç. Dr. Deniz Sarı bilimsel danışmanlığında kazı çalışmaları başlatılmıştır.  Söz konusu çalışmalar T.C. Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın maddi desteğinin yanı sıra Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi’nin desteği ve İnhisar Belediyesi’nin konaklama destekleri ile halen devam etmektedir. Bilecik Müzesi uzmanları ve BŞEÜ uzman ve öğrencileri ile beraber yürütülen kazılarda önemli sonuçlara ulaşılmıştır.

Karbon 14 yaş tayini analizlerinin sonuçlarına göre mağarada şimdilik bilinen ilk yerleşim Epi-paleolitik Dönem’e denk gelen MÖ 14500’lere aittir. Mağaranın iskân edildiği en geç tarih ise Orta Kalkolitik Dönem’e denk gelen MÖ 4500’lerdir. Mağaradaki Epi-paleolitik Dönem buluntuları içinde yer alan kumtaşından stilize ana tanrıça heykelciği, kemikten komuta asaları gibi objeler, Avrupa Üst Paleolitik Dönem kültür öğeleri ile Anadolu ve Doğu Akdeniz’in Çanak Çömleksiz Neolitik kültürleri arasında bağlantılar olduğunu düşündürmektedir. Neolitik Dönem sonuna ait bulgular burada kısa süreli bir yerleşime işaret etmektedir; söz konusu kontekstlere ait tarihler, 8.2 ka olarak bilinen iklim olayına ve küresel soğumanın zirve yaptığı sürece denk gelmektedir. Kalkolitik Dönem’in ilk yarısı Gedikkaya'da mimarisi ile daha uzun süreli fakat sezonluk iskanın olduğu bir zaman dilimidir. Neolitik ve Kalkolitik Dönem buluntuları şaşırtıcı bir şekilde Balkanlar, Kafkaslar, Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu gibi uzak bölge kültürleriyle ortak öğeler içermektedir. Gedikkaya’daki iskân büyük oranda iklim olayları ile ilişkilendirilen ama yine de tam olarak kesinleşmemiş sebeplere bağlı “kültürel kırılmaların” olduğu dönemlere denk gelmektedir. Dolaysıyla, barınma, yeni yer arayışı, güvenlik, konaklama gibi çeşitli sebeplere bağlı bölgeler arası insan hareketliliğinin yaşandığı süreçlerde mağarada yerleşilmiştir.