Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi’nde atıklar türlerine göre ayrı ayrı toplanmaktadır. Tüm binalarda cam, metal, kağıt, plastik, organik atık ve diğer (geri dönüştürülemeyen) atıklar, atık floresan lambalar, elektrikli ve elektronik atıklar, atık piller, atık yağlar ve tehlikeli atıkların her biri için kutular mevcuttur. Toplanan atıklar üniversitenin anlaşmalı olduğu lisanslı geri dönüşüm firmaları tarafından alınarak geri dönüştürülmektedir. Atıkların doğru bir şekilde toplanması için üniversite personeli ve öğrencilerine gerekli eğitimler verilmiştir. Eylül 2021 tarihinde Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi Çevre ve Şehircilik Bakanlığı’ndan Temel Seviye Sıfır Atık Belgesi almıştır.